Als wesentliche Kooperationspartner haben sich die Schulberatungsstelle und das Jugendamt erwiesen. Selbstverständlich ist die Zusammenarbeit mit den Kindergärten, den anderen Grundschulen, den weiterführenden Schulen und den benachbarten Förderschulen.
In ständigem Kontakt steht die Franziskusschule auch mit der Jugendverkehrsschule sowie mit der Stadtpfarrei  St. Martin. Darüber hinaus bestehen folgende feste Kooperationen und Bildungspartnerschaften:

• Nationalpark Eifel
• Musikschule Euskirchen
• Klasse 2000